Powstanie CKU należy wiązać z rozwojem szkolnictwa zawodowego na terenie Wyszkowa.
Jego zalążkiem było otwarcie w 1966 r. w budynku Zasadniczej Szkoły Zawodowej
w Wyszkowie Filii Zaocznego Technikum Mechanicznego z Ursusa. Szkoła w pierwszym okresie istnienia kształciła na kierunkach: mechanicznym, drzewnym i rolniczym. W ramach szkoły rolniczej prowadzono naukę jazdy ciągnikiem, uprawiano działkę przyszkolną
oraz prowadzono praktyki, początkowo w oparciu o gospodarstwa spółdzielcze i PGR-y.
W 1966 na wniosek pracowników wyszkowskiej Spółdzielni Pracy „Metalurgia” powołano przy ZSZ Punkt Konsultacyjny Zaocznego Technikum Mechanicznego w Ursusie.
Była to pierwsza tego typu placówka w historii miasta; zajęcia odbywały się w soboty
i niedziele.
Od września 1970 rozpoczęto kształcenie na poziomie policealnym – w ramach Pomaturalnego Studium Zaocznego Zawodowego o specjalności „eksploatacja i naprawa samochodów”. Wobec poszerzania oferty edukacyjnej placówki oraz wzrostu liczby semestrów i słuchaczy, od września 1971 roku zmieniono rangę Punktu Konsultacyjnego na Filię Technikum Mechanicznego oraz niemal równocześnie, tj. od października tego roku, uruchomiono Filię Technikum Ekonomicznego w Nowym Dworze, w ramach którego utworzono trzy semestry technikum oraz jeden semestr pomaturalny. W tym czasie wyszkowskie filie przerastały już macierzyste jednostki w Ursusie i Nowym Dworze pod względem liczby semestrów i słuchaczy.
W 1976 r. szkoła otrzymała nazwę Centrum Kształcenia Ustawicznego i była jedyną tego typu placówką oświatową w ówczesnym województwie ostrołęckim. To dzięki tej szkole wiele osób, którym różne koleje losu nie pozwoliły na ukończenie szkół dziennych, zaocznie zdobyło średnie wykształcenie i upragnione świadectwo maturalne.
Niemal równocześnie z nadaniem szkole imienia, zapoczątkowano w placówce kształcenie młodzieży w dziennym Liceum Ekonomicznym.
Od 1972 roku siedzibą szkoły stał się budynek przy ulicy J. Matejki. Ten obiekt szkolny od kilku lat wyróżniał się spośród innych budynków oświatowych i był przedmiotem dumy uczniów, słuchaczy, nauczycieli i dyrekcji Centrum. Obiekt rozbudowywany i modernizowany był w kilku etapach. Historia budynku (a właściwie kompleksu budynków) jest równie bogata i złożona, co dzieje samej szkoły.
21 czerwca 1986 r. Centrum otrzymało imię Jana Kochanowskiego oraz sztandar. Wybór patrona szkoły odbył się w powszechnym głosowaniu, w którym Jan Kochanowski pokonał swoich kontrkandydatów: Janusza Korczaka, Ludwika Krzywickiego, Zofię Nałkowską, Stanisława Staszica i Wincentego Witosa.
W 1999 roku Centrum Kształcenia Ustawicznego zostało przejęte przez Samorząd Województwa Mazowieckiego, który stał się jego organem prowadzącym.
